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诚信经营质量保障价格合理服务贴心第一次做CRISPR Cas9电转时,很多实验人员最想知道的一个问题就是:
“到底应该设置多少伏?"
但如果真正长期做过电转实验,就会发现这个问题并没有一个适用于所有实验室的标准答案。
因为CRISPR Cas9电转参数并不是只由Cas9决定,而是由细胞、递送物、电转体系以及实验目标共同决定。
所以,与其寻找一套网络上所谓的“标准参数",不如建立一套可以持续复用的参数优化方法。
CRISPR Cas9实验常见的递送形式包括Cas9质粒、Cas9 mRNA以及Cas9 RNP。
这几种方式虽然最终都可以实现基因编辑,但进入细胞后的路径并不相同。
质粒首先需要进入细胞,然后进行表达;mRNA需要在胞质中进行翻译;而RNP则是直接递送Cas9蛋白和sgRNA形成的复合物。
因此,在改变递送形式之后,不建议直接照搬以前的电转条件。
比如之前使用质粒建立的参数,在改用RNP后仍然原样使用,最终结果可能就会发生明显变化。
对于CRISPR Cas9电转来说,细胞差异往往比很多人想象得更重要。
贴壁细胞、悬浮细胞、原代细胞、干细胞以及免疫细胞,对电场刺激的耐受程度并不相同。
即使都是免疫细胞,T细胞、NK细胞和PBMC也不能简单视为同一种样本。
因此,更合理的参数管理方式是按照细胞建立独立记录。
例如:
细胞名称;
来源与批次;
培养状态;
细胞数量;
递送物类型;
电压;
脉冲持续时间;
脉冲次数;
电转后活率;
导入或编辑结果。
当积累几轮实验以后,实验室会逐渐形成自己的CRISPR Cas9电转数据库。
这种数据的价值,远高于单纯在网上找到一组别人实验室使用的参数。
参数优化比较常见的误区是每次只试一个条件。
第一次失败,提高一点电压;
第二次失败,再增加脉冲;
第三次细胞死亡,又重新降低电压。
这样实验做了很多次,但很难形成真正有价值的数据。
更合理的方法是,在细胞数量和样品条件允许的情况下,先设置小范围参数梯度。
通过几组具有差异的条件快速判断趋势。
如果某一区间导入不足,就向更强条件方向细化;
如果某一区间细胞损伤明显,就向相对温和条件收缩。
经过几轮筛选之后,通常比反复凭经验调整更加高效。
CRISPR实验最终关注的是编辑。
因此,在参数优化过程中最好建立至少三个维度:
导入情况;
细胞存活;
最终编辑结果。
如果实验还需要长期培养,则可以增加细胞增殖或者功能状态评价。
举个简单的思路:
A参数导入率较高,但是细胞损失严重;
B参数导入率稍低,但细胞状态明显更好,而且最终编辑效果并没有明显下降。
对于后续还需要培养和扩增的实验来说,B参数可能更加合适。
所以,“最高值"不一定等于“最佳值"。
CRISPR Cas9电转真正从探索阶段进入可用阶段,有一个很重要的标志,就是同样条件重复操作后,结果能够保持在一个相对稳定的范围。
如果第一次80%,第二次30%,第三次60%,即使偶尔出现一个非常漂亮的数据,这套体系也很难支撑稳定实验。
这时候需要重新检查细胞批次、电转操作、缓冲体系以及设备输出的一致性。
对于需要长期做CRISPR、电转染以及细胞工程项目的实验室,电穿孔仪除了参数范围之外,输出稳定性同样值得关注。
开云网页版登录入口V-leader电穿孔平台可面向不同细胞和不同分子递送需求进行参数调节,为CRISPR Cas9电转参数筛选提供实验基础。实际使用时仍建议结合具体细胞类型和实验目标进行预实验,而不是直接追求某一个固定参数。
CRISPR Cas9电转参数优化本质上是一个不断缩小范围的过程。
先确定细胞和递送形式,再设计小范围梯度,通过活率、导入效率和编辑结果共同判断,最后进行重复性验证。
一旦把这个逻辑建立起来,后面即使更换靶点或者调整CRISPR体系,也会比从零开始摸索高效得多。